Машина стала ехать рывками на 1 и 2 ой передаче.
Если на 1 передаче ехать плавно с маленькой скоростью, то машина начинает дергаться. То же самое и на второй передаче. Проблема в сцеплении? Ещё и троить начала

СВЕЧИ!!!

1 Когда медленно еду на первой передаче, без нажатия педали газа - начинаются рывки.
2 Когда на первой передачу кручу до 3000-4000 и затем резко отпускаю педаль газа, появляется гул, рывок и машина быстро замедляется.
3 На 2-3 передаче когда отпускаю газ на высоких оборотах есть небольшой рывок

двигатель не троит

Дик по другому и быть не может.
Называется "торможение двигателем"
Переключаться нужно на вторую, третью и далее по ситуации
Ну или сцепление выжал и катись

это конечно да
вот только раньше этого не было, ехал по прямой на первой и норм, а сейчас сильно дёргается

и ещё, появились рывки при переключении передач, в лучшем случае пропадают где-то через мин 30 или час, или же остаются до конца поездки

Рывки это несоответствие сильное оборотов "половинок" сцепления в момент замыкания или резкое (ударное) включение сцепления при сильном несоответствии.

Может с сцеплением чего.
Кстати, последи за оборотами.

У меня тоже такое наблюдается в сильных пробках, например.
Сцепление выжал, рывки прекратились.

Да и раскручивание двигателя до 4 тысяч на 1-ой передаче, это вроде как превышает рекомендуемые производителем обороты (красные риски на спидометре для 1 и 2 передач), разве нет?

Это уже где-то здесь обсуждалось. Двигатель 1,4 дергается при езде на холостых, особенно при включенном кондиционере.

И с какого перепуга он должен не дергаться при езде с отпущенной педалью газа.
Наехал га бугорок, попал в ямку.... и задергался.

Ничего он не дергается.
Автору рекомендуется:
1) Посмотреть здравие задней опоры мотора (реактивной тяги). Да и остальные опоры, хорошо ли они держатся (у меня лопалась левая, до лопания все тоже дергалось очень заметно).
2) Посмотреть, если есть защита ДВС - не замялась ли она и при перемещениях не задевает ли за выхлоп
3) Целы ли пыльники внутренних приводов.

Мотор при старте можно крутить как желаете, он после 4000 только начинает раскрывать таланты своих 16 клапанов.