В Москве дешевле всего будет остановиться в любом отельчике в Подмосковье, и условия будут нормальные и цена. Правда вот пробки, но они будут везде и придется к ним привыкнуть на какое-то время

.
А так я бы посоветовала посетить дворцово-парковые ансамбли: Архангельское, Коломенское, Кусково, Царицыно,Останкино (там же Ботанический сад, ВДНХ рядом, музей космонавтики).
Что касается Питера, то 2-3 дня для этого города - это почти ничего

. Город с очень богатой культурно-исторической частью. Кажется, вроде уже все знаешь, но все равно в сотый раз едешь в Петергоф, Екатерининский дворец,Исаакиевский собор, Спас на Крови,Эрмитаж,Петропавловскую крепость. Обязательно стоит прогуляться по центру города и выбрать морскую прогулку по каналам. Могу перечислять долго, но т.к. не знакома с Вашими предпочтениями, то лучше отправлю на сайт
http://www.opeterburge.ruтам можно почитать и выбрать, то что наиболее интересно.
Кстати мы тоже планируем в этих числах в Питер.
Еще я думаю у питерцев тоже будет свое мнение на этот счет